Die ostafrikanischen Exponate stammen aus der Sammlung der Bethel Mission, die ab 1886 an der Küste und im Binnenland von Tansania sowie in Ruanda tätig war. Hirtenvölker verarbeiteten bunte Perlen zu reichem Schmuck. Die sesshaften Völker fertigten Gegenstände für den alltäglichen Gebrauch aus unterschiedlichen Materialien: geflochtene Körbe und Schalen, Tonschüsseln, Mörser und Musikinstrumente aus Holz, Werkzeuge und Waffen aus Eisen. Die Makonde schnitzten Plastiken aus Ebenholz, für die sie auch heute noch berühmt sind.

Aus Kamerun und dem Kongo (Zaire), Länder mit vielen unterschiedlichen Ethnien und vielfältigem Kunsthandwerk, besitzt das Museum eine kleine Sammlung von Masken, Waffen, Schmuck, Textilien, Musikinstrumenten und Kalebassen.

Die Missionare der Rheinischen Missionsgesellschaft kamen bereits 1829 in die Kapprovinz, 1842 nach Namibia. Daher stammt ein großer Teil der Sammlung aus dem ausgehenden 19. Jahrhundert. Die Jäger- und Sammlergesellschaften und Hirtenvölker des südlichen Afrikas haben kaum figürliche Kunst hervorgebracht. Die San (Buschleute) sind für ihren Schmuck aus Straußeneierschalen bekannt, die Nama für feine Lederarbeiten. Die Ovambo- und Kavangovölker, Ackerbauern und Viehzüchter, haben sich auf Flecht- und Schmiedearbeiten oder Schnitzerein spezialisiert.