Die Sicherheit in der Bundesbahndirektion wird durch ein gebäudespezifisches Sicherheitskonzept gewährleistet, das in Zusammenarbeit mit den Leistungseinheiten und der Arbeitssicherheit auf Basis der bestehenden Sicherheitskonzepte der Stadtverwaltung entwickelt wurde. Es werden ein Sicherheitsdienst, Videoüberwachung, Bewegungsmelder und eine Einbruchmeldeanlage installiert.
In den öffentlichen Bereichen sind Schalterarbeitsplätze nur mit Zugangstoken zugänglich und jeder Bürgerdialogbereich hat einen zweiten Fluchtweg, um im Notfall eine schnelle und sichere Evakuierung zu ermöglichen. Die hohe Sichtbarkeit und Transparenz im gesamten Gebäude dient als Präventionsmaßnahme. Außerdem wird Amok-Prävention durch Beschilderung in allen Räumen, auch in den Back-Office-Bereichen, umgesetzt. Dieses umfassende Sicherheitskonzept trägt dazu bei, die Sicherheit der Mitarbeiter*innen und Besucher*innen zu gewährleisten und auf mögliche Gefährdungen adäquat reagieren zu können.